1945年8月15日の敗戦により、日本の教育は大変転を遂げました。終戦1か月後に文部省は「新日本建設ノ教育方針」を出し、「軍国的思想及び施策を払拭し平和国家の建設を目途として…国民の教養を深め科学的思考力を養い平和愛好の念を篤くし…」と宣言しています。

更にその1か月後の10月15日には、「私立学校における宗教教育の自由を認める訓令」を出し、私立学校で宗教教育を行うことを認めました。これにより、放課後に寄宿舎や修道院応接間などを使って希望者だけに行っていた藤の宗教教育も、正課に取り入れることができるようになり、翌年度からのカリキュラム検討に取り組みました。

この時期に注目すべきものに、女子教育の振興があります。1945年10月の新内閣の閣議で「女子教育刷新要綱」が示され、男女教育機会均等、教育内容の平準化等を基本方針とし、高等教育機関が女子にも解放され、大学における男女共学を実施することとされました。

また、9月5日には、日本の捕虜から解放されたイギリスの将校たち（中にはイエズス会の司祭も）が、藤の近くの男子フランシスコ修道院を訪れ、彼らが大変親切で、ミッションを特に守ろうという気持ちがすぐにわかりました。その後何度も、司祭やカトリックの兵士たちが私たちに食料品や医薬品を持ってきたり、寄宿舎が田舎で食料買い出しの折、運搬のために大きい車を出してくれたりしました。寄宿舎と言えば、戦時中は、食糧難のために多くの学校は寄宿舎を廃止しましたが、藤では頑張って続け、終戦後にも丘珠の方に あった休閑地にジャガイモなどを作って、とにかく、生徒たちを養うことができました。

学校では勤労奉仕のために時間割通りにできなかった授業も、10月末にやっと皆が帰って来て、1945年の最後の2か月間は正常に授業を行うことができました。1945年3月に4年で卒業した生徒たちのために翌年3月までの特別コースを設けたところ、33名が参加。